Virus SARS-CoV-2 pro Ivana Smetanu
Ivan Smetana v rozhovoru s Jakubem Onderkou slíbil, že pokud mu Jakub dodá informace o izolování viru SARS-CoV-2, tak je sám zveřejní. Bohužel se tak nestalo, takže tuto písemnost, kterou Ivan Smetana dostal, zveřejňujeme zde:
- Vyhlášení pandemie
Nákaza covidem-19 se začátkem roku 2020 masově rozšířila na všechny obydlené kontinenty a 11. března byla Světovou zdravotnickou organizací označena za pandemii. Onemocnění se objevilo ve 220 zemích světa včetně České republiky. Do 31. října 2021 bylo v 196 zemích celkem potvrzeno 247 129 785 případů, z toho 5 005 638 úmrtí připisovaných nemoci covid-19. Ke stejnému dni dostalo očkování 6 945 416 750 osob.
Od února 2020, kdy se nemoc poprvé objevila v Evropě, převažuje v lidské populaci mutace viru označovaná jako D614G, nejspíše původem ze Spojeného království. Tato mutace ve spike proteinu poskytla viru selekční výhodu, která se projevuje snazším přenosem i rychlejší replikací v řasinkových buňkách epitelu dýchacího traktu.
- Definice pandemie
Pandemie je hromadný výskyt infekčního onemocnění bez prostorového omezení. O pandemii tedy mluvíme v momentě, kdy se onemocnění rozšíří na území více států nebo i světadílů a nerespektuje omezení místem. Není omezena ani časem.
Pandemie pro svůj vznik obvykle potřebuje zcela nový typ patogenu, se kterým se organismus ještě nesetkal. Nezná ho a nemá proti němu vytvořeny žádné protilátky. Jedině tak se nemoc může rychle šířit napříč kontinenty.
- Izolace viru
Jako referenční sekvence SARS-CoV-2 slouží vzorek viru hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019 získaný od symptomatického pacienta dne 30. prosince 2019 v nemocnici Wuhan Jinyintan Hospital ve Wu-chanu. Do 2. února 2021 bylo získáno téměř 460 000 úplných genomových sekvencí viru z celého světa.
Části genetické sekvence SARS-CoV-2 vykazují podobnosti s jinými betakoronaviry vyskytujících se v netopýrech jako jsou SARS-CoV či MERS-CoV, které způsobují nemoci SARS a MERS, nicméně nový koronavirus je od nich geneticky odlišný. Jeho RNA je dlouhá přibližně 30 473 bp. Fylogenická analýza je dostupná skrze Nextstrain. Vysokou 96% příbuznost vykazuje netopýří koronavirus BatCoV RaTG13 pocházející z netopýrů v měděném dole v Mo-ťiangu v městské prefektuře Pchu-er v provincii Jün-nan, který byl sekvenován až po vypuknutí pandemie covidu-19 koncem roku 2019. Podobně vysokou příbuznost vykazuje také netopýří koronavirus RmYN02 pocházející z netopýrů z autonomní oblasti Si-šuang-pan-na v provincii Jün-nan, který byl sekvenován v roce 2020. Obě sekvenování prováděli vědci ve Wuchanském institutu virologie.
Porovnání známých sekvencí savčích koronavirů napomohlo k objasnění významu mutací, insercí nebo delecí (rekombinací), které hypoteticky vznikly přes zvířecího mezihostitele nebo až během infekce člověka a vedly k adaptaci na mezilidský přenos. Zatímco receptorová doména S proteinu obsahuje střídavě báze shodné s koronavirem netopýra či luskouna, jeho doména aktivovaná membránovou proteázou je kódována unikátní nově získanou sekvencí RNA a nemá žádnou analogii se zkoumanými viry. Bez objevení takové sekvence u některého zvířecího koronaviru nelze stanovit, zda virus vznikl přirozenou rekombinací nebo uměle.
Předběžné zprávy uvádějí, že virus SARS-CoV-2 je přirozeného původu; nevykazuje celogenomovou příbuznost k jiným liniím koronavirů SARS, kterou by se vyznačoval záměrně laboratorně vytvořený virus, ale nese změny jak v genech pro receptor vážící doménu odpovědnou za vazbu viru na receptor cílových buněk, tak pro „místo štěpení“, které musí být rozpoznáno a štěpeno enzymy hostitele, čímž je virový protein aktivován ke vstupu do buněk.
Porovnání kompletního genomu SARS-CoV-2 s příbuznými koronaviry vedlo ke zjištění, že spolu s netopýřím RaTG13 tvoří zvláštní linii odlišnou od ostatních známých koronavirů pouze pokud jde o část ORF 1a a část kódující S protein. Tato sekvence RNA však není identická, a tedy RaTG13 není virem, který způsobil nynější pandemii. Naopak celá střední část SARS-CoV-2 – téměř polovina jeho genomu (pořadí nukleotidů 10 901–22 830) nemá žádnou příbuznou analogii mezi známými sekvencemi koronavirů podrodu Sarbecovirus ani jinými koronaviry a autoři vylučují, že mohla vzniknout nedávnou rekombinací. Shodu ve většině oblastí genomu (např. 1ab, 3a, E, 6, 7a, N a 10) se však podařilo identifikovat u příbuzného netopýřího viru RmYN02, což představuje další podporu pro přirozený vznik lidského SARS-CoV-2.
Zde je několik studií na izolaci viru (stačí otevřít v Chromu a nechat přeložit):
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.5694/mja2.50569
https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-1176
https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/6/20-0516_article
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7045880/
https://www.mzcr.cz/wp-content/uploads/2021/02/118-A.pdf
- Proč se nepoužívají Kochovy postuláty?
V roce 1882 publikoval Robert Koch článek o původci tuberkulózy, mycobacterium tuberculosis, později označované jako Bacil Kochův, BK. Koch položil základy moderní bakteriologie, kdy stanovil kritéria, za kterých je mikroorganismus možno považovat za původce. Tato záhy slavná kritéria dostala název Kochovy (lépe Henleovy-Kochovy) postuláty a mají následující znění:
- Patogen musí být přítomen ve všech případech onemocnění a za podmínek, které je možno považovat za patologické změny a klinický průběh onemocnění.
- Patogen se neuplatňuje u jiného onemocnění jako náhodný nebo nepatogenní organismus.
- Poté, co je patogen izolován z infikovaného hostitele a opakovaně roste v čisté kultuře a následně je naočkován do zdravého vnímavého hostitele, musí vyvolat onemocnění.
Sám Koch na Mezinárodním lékařském kongrese v Berlíně již v roce 1890 uvádí, že pro řadu onemocnění tyto postuláty platí (antrax, tuberkulóza, tetanus), pro řadu však nikoliv – tyfus, záškrt, lepra, asijská cholera atd. Hlavním problémem bylo ověření původců na zvířecím modelu. Postupem času se objevily další důvody, proč nemohou být tyto postuláty platné.
Ad 1. Tento postulát nelze použít u onemocnění, kde je obtížné (například mykoplasma a chlamydophily) nebo nemožné patogen kultivovat. Dále pak u onemocnění, u kterých přítomnost patogenu předchází rozvoji klinické manifestace onemocnění (například u virové infekce – infekční mononukleóza, poliomyelitis).
Dále v druhé části postulátu se hovoří o poškození v místě přítomnosti patogenu. Přítomnost bakterie či viru způsobuje často zánětlivé změny v místě množení, ale nemusí tomu tak být vždy. Poškození bakteriálními toxiny se nemusí odehrávat v místě množení bacilů, ale na vzdáleném místě. Například u záškrtu se mikroorganismy množí na epitelu, ale toxiny se krví dostávají do nervových buněk a srdce. Obdobně je tomu u streptokokového toxinu.
Další důkaz nepřímého poškození tkáně při infekčních chorobách jsou onemocnění způsobená imunokomplexy – například glomerulonefritidy.
Ad 2. Postulát 2 neplatí pro tzv. oportunní patogeny, které způsobují onemocnění jen v některých případech (u nemocných s oslabenou imunitou – HIV, s diabetes mellitus, užívajících kortikosteroidy, imunosupresiva atp.). U jinak zdravých jedinců se totiž tyto patogeny většinou neuplatní (atypická mykobakteria, CMV, herpesviry, plísně atp.). Dále neplatí u již zdravých nosičů – například u cholery. Stejně tak neplatí u stavů, kde může dojít k reaktivaci původně latentního patogenu (k čemuž dochází například i u tuberkulózy).
Ad 3. V bakteriologii máme již z relativně dávných dob identifikovánu celou řadu původců, které není možné pěstovat v kultuře – mycobacterium leprae (objevené Hansenem 1874), chlamydia trachomatis, virus hepatitidy B atp.
Ad 1. a 3. Postuláty nelze použít také v případě, kdy onemocnění vzniká spoluprací více patogenů – například u plicního abscesu, na kterém se podílí často jak anaerobní, tak gram negativní, či gram pozitivní flora.
Zdroj: https://www.iniciativa-snih.cz/jak-nesouvisi-kochuv-postulat-s-covid-19/
- Co je sekvenace viru
Jednoduše lze sekvenci viru pochopit jako „pitvu viru“. Pro snadné pochopení sekvenace viru přikládáme patent na tuto metodu, kde je blíže vysvětleno
https://patentimages.storage.googleapis.com/93/72/92/3710c833bc56a3/CZ135797A3.pdf
A jak probíhá sekvence (zde DNA) je detailně popsáno zde:
https://www.wikiskripta.eu/w/Sekvenov%C3%A1n%C3%AD_DNA
- Přenos viru
Virus SARS-CoV-2 se šíří vzájemným kontaktem. Primárně pomocí infikovaných kapének, které nakažený vylučuje při kašli, kýchání nebo mluvení. Tyto infikované kapénky se mohou šířit až na vzdálenost dvou metrů. Lidé se mohou nakazit jejich vdechnutím nebo přenesením viru v kapénce z nějakého povrchu na obličej (typicky při doteku úst, nosu nebo očí).
- Funkčnost roušek
V tomto článku je odkaz na studii, která potvrzuje funkčnost roušky v zabránění šíření viru Sars-coV-19
Používání roušek – pohled odborníků – FNUSA
A zde je vysvětlen důvod, proč i nošení roušky či respirátoru pod nosem je v době pandemie nebezpečný
https://zoommagazin.iprima.cz/zajimavosti/noseni-rousky-pod-nosem-nebezpecne
- A proč je nošení ochrany úst a nosu důležité? Zejména proto
Již předchozí vědecké studie prokázaly, že běžná sezónní chřipka (H1N1) může mít asymptomatický průběh (tzn. bez teplot nebo kašle a bolestí v krku) u 69–73 % dětí, kterým byly později v krvi prokázány nově vytvořené protilátky proti kmenům chřipky H1N1 nebo H3N2. U jiných virových onemocnění jsou procenta asymptomatického průběhu onemocnění od 8 % u spalniček, přes 32 % u norovirové nákazy až po 90–95 % u dětské obrny.
Data shromážděná z 25 dosud publikovaných článků ukazují, že také infekce covidu-19 má u dětských pacientů většinou mírný nebo asymptomatický průběh a děti se mohou stát přenašeči nákazy v rodinách.
Podobná studie na zatím omezeném počtu 565 Japonců, kteří byli evakuováni z Wuhanu a všichni otestováni na přítomnost SARS-CoV-2 pomocí RT-PCR (Reverse transcription PCR) testu ukazuje, že z celkového počtu pozitivně testovaných bylo bez příznaků až 30 %, a to i po třicetidenní karanténě. U pasažérů lodi Diamond Princess, kde vypukla nákaza covid-19 před 5. únorem 2020, mělo pozitivní test 634 z celkem 3 063 testovaných pasažérů, přičemž procento zjištěných asymptomatických pacientů se v průběhu testování postupně mezi 13.–20. únorem zvyšovalo z počátečních 16 % až na více než 50 %.